行政许可程序的特别规定有：
(一)特许程序
特许是行政机关代表国家向被许可人授予某种权利的许可方式，主要适用于自然资源的开发利用、公共资源的配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项，即《行政许可法》第12条第2项所列事项的行政许可。
(二)认可程序
认可是行政机关确定申请人是否具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能的许可方式，主要适用于确定申请人是否具备为从事提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业所必需的特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项，即行政许可法第12条第3项所列事项的行政许可。
(三)核准程序
核准是行政机关对某些事项是否达到特定技术标准、技术规范作出判断的许可方式，主要适用于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项，即《行政许可法》第12条第4项所列事项的行政许可。比如，消防法规定的消防验收、国境卫生检疫法规定的动植物进出境检疫等。
二、行政许可的种类
从行政许可的性质、功能和适用条件的角度来说，大体可以划分为五类：普通许可、特许、认可、核准、登记。
(一)普通许可
普通许可是准许符合法定条件的相对人行使某种权利的行为。凡是直接关系国家安全、公共安全的活动，基于高度社会信用的行业的市场准入和法定经营活动，直接关系到人身健康、生命财产安全的产品、物品的生产及销售活动，都适用于普遍许可。如游行示威的许可，烟花爆竹的生产与销售的许可等。
普通许可有二个显著特征：一是对相对人行使法定权利附有一定的条件;二是一般没有数量控制。
(二)特许
特许是行政机关代表国家向被许可人授予某种权力或者对有限资源进行有效配置的管理方式。主要适用于有限自然资源的开发利用、有限公共资源的配置、直接关系公共利益的垄断性企业的市场准入。如出租车经营许可、排污许可等。
特许有二个主要特征：一是相对人取得特许后，一般应依法支付一定的费用，所取得的特许可以转让、继承;二是特许一般有数量限制，往往通过公开招标、拍卖等公开、公平的方式决定是否授予特许。
(三)认可
认可是对相对人是否具有某种资格、资质的认定，通常采取向取得资格的人员颁发资格、资质证书的方式，如会计师、医师的资质。
认可有四个特征：一是主要适用于为公众提供服务、与公共利益直接有关，并且具有特殊信誉、特殊条件或特殊技能的自然人、法人或者其他组织的资格、资质的认定;二是一般要通过考试方式并根据考核结果决定是否认可;三是资格资质是对人的许可，与人的身份相联系，但不能继承、转让;四是没有数量限制。
(四)核准
核准是行政机关按照技术标准、经济技术规范，对申请人是否具备特定标准、规范的判断和确定。主要适用于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施的设计、建造、安装和使用，以及直接关系人身健康、生命财产安全的特定产品、物品的检验、检疫，如电梯安装的核准，食用油的检验。
核准有三个显著特征：一是依据主要是专业性、技术性的;二是一般要根据实地验收、检测来决定;三是没有数量限制。
(五)登记
登记是行政机关对个人、企业是否具有特定民事权利能力和行为能力的主体资格和特定身份的确定。如，法人或者其他组织的设立、变更、终止;工商企业注册登记、房地产所有权登记等。
登记有三个显著特征：一是未经合法登记的法律关系和权利事项，是非法的，不受法律保护;二是没有数量限制;三是对申请登记材料一般只进行形式审查，即可当场做出是否准予登记的决定。
三、行政许可的基本特点
(一)行政许可是依法申请的行为。
(二)行政许可内容是国家一般禁止的活动。
(三)行政许可是行政主体赋予行政相对方某种法律资格或法律权利的具体行政行为。行政许可是针对特定的人、特定的事作出的具有授益性的一种具体行政行为。
(四)行政许可是一种外部行政行为。行政许可是行政机关针对行政相对方的一种管理行为，是行政机关依法管理经济和社会事务的一种外部行为。行政机关审批其他行政机关或者其直接管理的事业单位的人事、财务、外事等事项的内部管理行为不属于行政许可。
(五)行政许可是一种要式行政行为。
